Công ty Cổ phần Bia Hà Nội – Thanh Hóa (trước đây là Nhà máy Bia Thanh Hóa) được thành lập theo quyết định số 220/ QĐ-UBTH ngày 21 tháng 2 năm 1989 của Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa trên cơ sở hợp nhất nguyên trạng  2 xí nghiệp là Xí nghiệp Rượu-Bia-Nước ngọt (thuộc Sở Thương nghiệp Thanh Hóa) và Xí nghiệp chế biến mỳ Mật Sơn (thuộc Công ty Liên hiệp lương thực tỉnh Thanh Hóa).

–    Ngày 01 tháng 3 năm 2001 Công ty Bia Thanh Hoá trở thành thành viên hạch toán độc lập của Tổng Công ty Rượu-Bia-Nước giải khát Việt Nam theo quyết định số 0348/QĐ-BCN ngày 16 tháng 02 năm 2001 của Bộ trưởng Bộ Công nghiệp  và quyết định số 519/QĐ-UB ngày 02 tháng 3 năm 2001 của Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa.

–    Ngày 06/5/2003 Công ty Bia Thanh Hoá trở thành thành viên hạch toán độc lập của Tổng Công ty Bia-Rượu-Nước giải khát Hà Nội.
–    Tháng 3/2004 Công ty chuyển đổi thành Công ty Cổ phần Bia Thanh Hóa.
–   Tháng 11/2018 Công ty đổi tên thành Công ty Cổ phần Bia Hà Nội – Thanh Hóa.